Edificato nel XI secolo per volontà del Conte Attone Leuco di Almenno San Salvatore, il castello sorge come fortezza difensiva che ha le sue naturali barriere a ridosso del Monte Ubione e alla confluenza fra i fiumi Brembo e Imagna.

Nel XIV e XV secolo, data la sua strategica posizione, il Castello di Clanezzo è conteso fra le fazioni Guelfa, della Valle Imagna, e Ghibellina, della Valle Brembana. Entrambe aspiravano al controllo della Valle Brembilla.

Nel 1443 avviene lo scontro più feroce fra le due fazioni, che vede i Ghibellini abbandonare il territorio, con buona pace del governo della Serenissima. Il Castello di Clanezzo risulta significativamente danneggiato da questa lotta: dell’originaria a struttura a forma di quadrilatero con alte torri non rimangono che rovine.

Nei secoli successivi si occuperanno della ricostruzione del castello le diverse famiglie che vi abitarono: i Locatelli, i Rota, I Bruscoloni, i Martinengo, i Beltrama e i Roncalli.

Dagli anni ’60 il Castello di Clanezzo è convertito in ristorante. Negli anni ’80 l’attività ristorativa cessa per pochi anni, fino a che nel 1989 la famiglia Rota, che conduce l’attuale gestione, rileva il Castello di Clanezzo e lo rinnova interamente nel biennio seguente.

Dal 12 maggio 1991, inizia la gestione dei coniugi Rota Giovanni e Clara che con passione e talento conducono l’attività di ristorante e albergo per 10 anni.

Lunedì 8 ottobre 2001 il tragico incidente aereo di Linate pone fine alle loro vite. Con essi il piccolo Michele, l’ultimo dei loro quattro figli.

Attualmente la gestione del Castello di Clanezzo prosegue attraverso i fratelli Rota Paola, Matteo e Clemens.